Résumé
We present SPar-K (Signal Partitioning with K-means), a method to search for archetypical chromatin architectures by partitioning a set of genomic regions characterized by chromatin signal profiles around ChIP-seq peaks and other kinds of functional sites. This method efficiently deals with problems of data heterogeneity, limited misalignment of anchor points and unknown orientation of asymmetric patterns.
Détails
Titre
SPar-K: a method to partition NGS signal data
Auteur(s)
Groux, Romain ; Bucher, Philipp
Publié dans
Bioinformatics
Volume
35
Numéro
21
Pages
4440-4441
Date
2019-11-01
Editeur
Oxford, OXFORD UNIV PRESS
ISSN
1367-4803
1460-2059
1460-2059
Autres identifiant(s)
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Laboratoires
GR-BUCHER
Le document apparaît dans
Production scientifique et compétences > SV - Faculté des sciences de la vie > ISREC - Institut suisse de recherche expérimentale sur le cancer > GR-BUCHER - Groupe Bucher
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Date de création de la notice
2019-12-12